دانشگاه برن در سه سطح: دانشگاه، دانشکده‌ها و مؤسسات دارای فعالیت می‌باشدو سایر واحدهای سازمانی عبارتند از واحدهای درون دانشگاهی که بالاترین مرجع حاکم بر آنها سنا است که مسئول صدور اساسنامه، قوانین و مقررات حاکم بر دانشگاه است. هیئت مدیره دانشگاه به طور مستقیم پاسخگو به مجلس سنا است که مسئولیت مدیریت و هماهنگی امور دانشگاه را برعهده دارد. این هیئت شامل رئیس، معاونان و مدیر اداریست. ساختار و وظایف هیئت مدیره دانشگاه واحدهای سازمانی توسط قانون دانشگاه تنظیم می‌شود. دانشگاه برن سالانه در حدود ۴۰ رشتهکارشناسی و ۷۰ رشته کارشناسی ارشد کارشناسی ارشد ارائه می‌کند که به ترتیب ۸۰۳۷ دانشجو در کارشناسی و ۳۷۵۱ دانشجو در کارشناسی ارشد در این دانشگاه مشغول به تحصیلند. این دانشگاه همچنین دارای ۲۳۴۷ دانشجوی دکترا است. دانشگاه برن در هرسال در حدود ۲۶۰۰ دانشجویان کارشناسی و ۵۰۰ دانشجوی دکترا فارغ التحصیل دارد. همچنین در حال حاضر، دانشگاه بیشترین نسبت دانشجوی دختر به پسر را داراست که این نسبت در پایان سال ۲۰۱۱، ۵۴٪ به نفع دختران دانشجو بوده‌است.

دانشکده‌ها:

• الهیات
• حقوق
• اقتصاد و تجارت
• علوم اجتماعی
• پزشکی
• دامپزشکی
• تاریخ و باستان‌شناسی
• علوم انسانی
• علوم پایه
• مهندسی

واحد رباتیک

در دانشگاه برن واحد مجزایی برای رباتیک درنظر گرفته نشده است، اما دانشجویان دانشکده مهندسی این دانشگاه هر ساله در رقابت‌های رباتیک مختلفی در سراسر آمریکا و جهان شرکت می‌کنند و حائز رتبه‌های برتر در دسته‌بندی‌های مختلف می‌شوند.